卖家、物流。

1、卖家。京东自营跟旗舰店最大的区别就是卖家的区别，京东自营店是商家就是京东，京东在这中间充当零售商身份，自己去进货没然后放在自己的仓里面，京东旗舰店的商家就是品牌方，商家主要是借助京东这个平台销售自己的产品。

2、物流。京东自营的物流是京东物流，发货速度比较快，有问题也能上门取件更换，方便快捷，官方旗舰店是入驻的商家，少部分会使用京东自营物流，大部分发货属于第三方物流。